Con la llegada al gobierno de Hugo Chávez Frías en 1999, se crea el Ministerio de Ciencia y Tecnología (MCT) pasando a ser el CONICIT, ahora FONACIT (Fondo Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación) una de las instituciones adscritas a este despacho así como otras organizaciones como el IVIC, CIEPE, FII, CIDA, FUNVISES, Instituto de Estudios Avanzados (IDEA) y el Fondo Nacional de Investigaciones Agropecuarias (FONAIAP), ahora Centro de Investigaciones Agrícolas (CIA). El Ministerio dio importancia la búsqueda de recursos financieros como la promulgación de varios instrumentos jurídicos, entre los que se destacan la Ley de Ciencia, Tecnología e Innovación (2000), lo cual permitía honrar al artículo 110 de la Constitución sancionada en el 1999, en la cual se establecía que el Estado reconocería “el interés público de la ciencia, la tecnología, el conocimiento, la innovación y los servicios de información necesarios”, considerándolos como instrumentos fundamentales para el desarrollo económico del país, "así como para asegurar la seguridad y defensa nacional". De igual manera, indicaba que el Estado destinaría los fondos necesarios y crearía 
“el sistema nacional de ciencia y tecnología de acuerdo a una ley".
“el sistema nacional de ciencia y tecnología de acuerdo a una ley".
El nuevo instrumento legal formó parte del conjunto de leyes que el Ejecutivo promulgó gracias a la habilitación que le otorgara la Asamblea Nacional en el 2001. El MCT adujo urgencia para aprobar la ley, lo cual ocasionó fricciones con la comunidad científica que juzgó que el texto del nuevo instrumento debía ser objeto de una amplia consulta, lo cual implicaba contar con un tiempo mas largo que el establecido por el Ministerio.
La Ley de Ciencia, Tecnología e Innovación aprobada en agosto del 2001, es un intento de convocar a los sectores ligados directamente o aquellos potenciales de serlo a la ciencia y la tecnología, tanto públicos como privado, a fin de integrarlos en un sistema. Este debe atenerse a un plan de ciencia y tecnología confeccionado por el Ministerio (artículo 11). Este punto generó controversia, los integrantes de la comunidad científica a través de sus asociaciones, los Consejos de Desarrollo Científicos y Humanísticos, por ejemplo insistían en que hubiese una instancia en donde todos los actores (investigadores, empresarios públicos y privados, fundaciones del estado entre otros) del sistema pudiesen estar representados y participar en la elaboración del mencionado plan. Pero este punto no fue acogido en la ley promulgada. La ley también daba potestad al Ministerio de orientar los proyectos de ciencia y tecnología que las gobernaciones y municipios tuviesen a bien emprender (artículos 36, 37, 38 y 39). Finalmente, el Ministerio se convertía en el ente coordinador de los esfuerzos públicos y privados para financiar las actividades del Plan (artículo 26).
Otro instrumento que fue modificado fue el Sistema de Promoción al Investigador (SPI) que buscaba, por una parte ser mas flexible en cuanto a las personas que podían ser incorporadas, al no hacer hincapié en la dedicación a la investigación. Y por la otra, buscó en un principio, obligar a los investigadores a publicar los resultados de sus investigaciones en medios nacionales al dar mayor puntuación a las revistas del país sobre las del exterior. Ambos aspectos generaron controversia y si bien la primera de ellas no se ha modificado, la segunda si lo fue a fin de eliminar el privilegio hacia las publicaciones nacionales.
El Estatuto de creación del IVIC (1959) fue sustituido por una ley (2000), la cual le permitió al MCT escoger los integrantes del Consejo Directivo del mismo, a excepción de los representantes laborales.
Dentro del Plan de prioridades que promulgara el MCT, confeccionado sin consulta de los actores del sector científico y tecnológico, se recalca la idea de la necesidad de democratizar la ciencia, lo cual en la práctica llevó a financiar proyectos de investigación presentados por individuos que no son científicos, pero que el Ministerio ha identificado como personas que buscan resolver sus problemas a través de la ciencia.
También desde el MCT se puso en marcha la idea de crear una red de centro de computación a fin de que la población tuviera acceso a la Internet, los llamadosInfocentros. Este impulso hacia la informática es parte de una acción más amplia, que consiste en que el Estado automatice una serie de tareas. En esta perspectiva se encuentra la Ley de firma electrónica aprobada para facilitar la confección de documentos oficiales y su divulgación electrónica; se ha intensificado la existencia de páginas electrónicas o WEB de los ministerios y otros entes del Estado, sumándose así, el Ejecutivo a los esfuerzos existentes en la red académica, los medios de comunicación social y otras organizaciones no gubernamentales (ONG). La propia Presidencia de la República mantiene actualizada una hoja WEB con información de las leyes promulgadas, la Gaceta Oficial, la agenda presidencial, así como los discursos, entrevistas e intervenciones del mandatario en el programa de radio “Alo Presidente”, entre otros.
